明治維新前後には医師の団体は存在していたが、明治２６年、信夫郡医師会設立が、本会の発足とし、明治４０年４月に、福島町は市政をしき福島市医師会が認められることとなった。その後福島市医師会は時代の変遷に伴って活動し運営されてきた。しかし、昭和１７年国民医療法の制定による改組の結果、福島県医師会福島支部として活動してきたが、終戦後の昭和２２年９月１日解散させられるに至った。しかしながら、医師の自由な意志と自覚による自律的な団体を設立するために、新たに社団法人として、福島市医師会設立を決意し、昭和２２年９月認可申請し、昭和２２年１１月１日、本医師会の認可を得、新体制の福島市医師会が誕生した。

その後時代の変遷に伴う社会の変化に対応して医師会の使命を果たし、今日に至っている。この間、昭和４５年８月より、福島市医師会報（四季報）の発刊を、平成１０年には新体制の創立５０周年記念式典と記念誌の発行等を行った。本会は、公益法人制度改正により、平成２６年４月より一般社団法人として、認定を受けた。

歴代会長は明治２６年からの南二郎を初代として現会長の　横田　崇　は第２５代目である。